Heroes of Mana est un jeu de stratégie en temps réel se déroulant dans l'univers de la série Mana. L'histoire suit le jeune soldat Roget et son équipe, envoyés par le royaume de Pedda pour une mission secrète à Férolia. Cependant, ils découvrent rapidement que leur propre royaume les a trompés, les accusant de trahison. Roget et ses compagnons, à bord du vaisseau volant le "Cygne Noir", décident alors de se retourner contre Pedda et d'unir leurs forces avec les autres nations pour déjouer les plans de conquête de Fa'Diel. Le jeu mêle gestion de ressources, construction de bases, et batailles tactiques, le tout accompagné d'une histoire riche en rebondissements, caractéristiques de la série Mana.